Академия-Сити - это высокотехнологичный студенческий городок, который располагается недалеко от Токио. Он славится не только тем, что более развит в плане технологий, чем любой другой город, но и тем, что безопасность там, как говорят, на высоком уровне. Поэтому родители не боятся отдавать туда своих отпрысков. И это место для многих детей и подростков стало очень близким, родным. Тем местом, которое они готовы защищать...
Это город науки. В существовании магии здесь не верят, лишь отдельные лица знают о её существовании, а кто-то даже может быть с ней тесно связан. И пусть этот город охраняем, магам удаётся сюда пробраться время от времени...

Действия начинаются с конца второго сезона аниме To Aru Majutsu no Index. Действия, происходящие после, НЕ учитываются.

Март, 2012 год.
Восстание нулевиков осенью удалось подавить, а обстановка накаляющейся войны сумела рассеяться, плавно перейти в спокойствие. И по сей день в городе сохраняется спокойствие. Учебный год уже заканчивается, а новые ученики уже переезжают сюда или готовятся к переезду. Всё как обычно.
Как бы не так! Это лишь пока спокойно. Среди магов появилась достаточно крупная, пусть и недавно появившаяся, организация - Sancti Inferno (Санкти Инферно).  Её создали те маги, которых не принимали всерьез, которых отвергли и сочли слабыми в борьбе как против науки, так и против других магов. Они относятся к разным церквям, но кое-что их объединяет. Отверженные хотят доказать, что они ничуть не хуже остальных, поэтому решили доказать, что они способны бороться с этими двумя сторонами. Они готовят на Академию-Сити атаку, а пока что лишь подсылают в студенческий городок своих шпионов под прикрытием, разумеется. Они обычно маскируются либо под школьников, либо под учителей и других рабочих, либо просто под кого-либо, кто не будет привлекать внимание. И, надо сказать, им это удаётся. Но для чего же они это делают? Что они готовят? Что в дальнейшем ждёт Академию?..